المخلفات المعدية:

المخلفات السائلة: عينات الدم والأمصال، عينات بول، عينات براز، عينات السوائل الجسم من سائل منوي، سائل الحبل الشوكي، البصاق، اللعاب   وبعض سوائل ما بين الأنسجة.

المخلفات الشبه الصلبة: مزارع البكتيرية والمسحات القطنية كعينات مسحات عنق الرحم ومسحات اللوزتين، مسحات الجروح ومسحات العين والأنف وغيرها. 

المخلفات الحادة: مثل الإبر  لأخذ عينات الدم أو للاستعمال داخل المختبر، المشارط لأخذ عينات أنسجة الجلد الخارجية لتحاليل وجود الفطر، الشرائح الزجاجية وأغطية الزجاجية للشرائح عينات البول والبراز، بقايا الدوارق المكسورة والحادة.

المخلفات الكيماوية:   من سوائل كيماوية ومحاليل لتشغيل أجهزة التحاليل وكذلك سوائل التعقيم لتلك الأجهزة وسوائل تنظيف الأسطح والأرضية للمختبر.وينتج عن مختبر الباثولوجي كمية كبيرة من الأصباغ والأحماض الشديدة التلوث والخطورة للبيئة المحيطة

قسم الأحياء الدقيقة: مختص بالتحاليل  الميكروبية للعينات المرضى  من مختلف أنواعها البكتيرية والفطرية. ويتعامل مع مختلف أنواع العينات السائلة والصلبة، مثل مسحات الحلق، العين، الأنف، ومسحات عنق الرحم، وسوائل الجسم من لعاب وبصاق ، بول وبراز، سائل منوي، وإفرازات الجسم كلها من إفرازات الجروح وإفرازات التنفسية والتناسلية وسائل الحبل الشوكي وغيرها.

قسم علم الدم: متخصص بتحاليل الدم الشاملة من نسبة الهيموجلوبين وعدد كريات الدم الحمراء والبيضاء وفصائل الدم وغيرها. ويتعامل فقط مع عينات الدم.

قسم الكيمياء الحيوية السريرية: مختص بتحديد كميات المواد الكيماوية من الأنزيمات والدهون والسكريات والبروتينات في الجسم، ومعظم العينات المستخدمة هو مصل الدم. 

قسم علم الطفيليات: هذا القسم يتعامل مع عينات البول والبراز للكشف عن مسببات الأمراض الطفيليات من ديدان ووحيدات الخلية.

قسم علم الأمصال: هذا القسم يتعامل مع عينات الدم وبعض سوائل الجسم ويعتمد اختبارات هذا القسم على البحث على الأجسام المضادة أو الميكروب المولد لهذا الجسم المضاد.

قسم الهرمونات: يتعامل هذا القسم مع عينات الدم لتحديد كميات الهرمونات بالجسم بمختلف أنواعها. ويعتمد هذا القسم على الأجهزة الطبية الدقيقة في ذلك.

قسم الباثولوجي: يتعامل هذا القسم مع خلايا وأنسجة والأعضاء البشرية لمعرفة مسببات المرض فيتم تحضير شرائح للنسيج المراد اختباره ويصبغ على حسب نوع الاختبار ويشخص.

قسم السموم: للكشف عن العديد من المركبات الكيماوية ذات الأضرار السمية والكشف عن كميات بعض الأدوية في الجسم. معظم يتم التعامل من أمصال دم المرضى.